L'adhésion des associations jeunesse et éducation populaire est possible au sein du CRAJEP Nouvelle-Aquitaine via deux collèges :

• le collège 1 regroupe les associations régionales membres du CNAJEP par leur représentation nationale
• le collège 2 regroupe les associations régionales possédant l'agrément Jeunesse et Education Populaire et qui sollicitent leur adhésion à l'association